Колишні назви: «Наваль», «Металіст», «Суднобудівник» (1936—1949, 1960—1965, 1967—1991), «Авангард» (1951—1959), «Будівельник» (1966), «Евіс» (1992—1994), СК «Миколаїв» (1994—2002). Сучасна назва з 2002 року.

Футбольний клуб в Миколаєві був створений в 1920 році. Команда стартувала в першості СРСР під назвою «Суднобудівник» у 1937 році в групі «Д». Із 1951 по 1959 рік називалася «Авангардом».

У 1960 році миколаївський колектив став першим в своїй зоні класу «Б» УРСР. Але в двохматчевому протистоянні за звання чемпіона УРСР не зміг переграти «Металург» (Запоріжжя). Через вісім років «Суднобудівник» завоював перше місце в своїй групі класу «А», в сочинському фіналі став четвертим. За підсумками сезону в чемпіонаті СРСР зайняв 24 строчку в турнірній таблиці. 1969 рік ознаменувався небувалим успіхом: «Суднобудівник» дійшов до півфіналу Кубка СРСР, де поступився майбутньому володареві призу, львівським «Карпатам».

Через два роки миколаївська команда завоювала срібні медалі серед команд другої ліги чемпіонату УРСР. У 1973 році — бронзу. А в 1974 році «Суднобудівник» став чемпіоном другої ліги 6-ої зони першості УРСР.

У восьмидесятих миколаєвці під керівництвом заслуженого тренера УРСР Євгенія Мефодьевіча Кучеревського два роки підряд ставали бронзовими призерами другої ліги 6-ої зони чемпіонату УРСР (1984, 1985 рр.). У 1990 році «Суднобудівник» завоював срібні нагороди другої ліги в першій зоні чемпіонату УРСР серед 19 команд.

У першому сезоні нового турніру, чемпіонату України, у вищій лізі команда стартувала під назвою «Евіс». Зайнявши дев'яте місце з десяти в своїй підгрупі, «Евіс» покинув елітний дивізіон. У 1995 році, вже іменуючись СК «Миколаїв», повернувся у вищу лігу, але за підсумками сезону 1995/96 знову відбулося пониження в класі. Останнє перебування команди у вищій лізі України датоване 1999 роком, тоді в боротьбі з 30-у командами «Миколаїв» зумів заробити лише 12 очок і знову покинув дивізіон сильних.